Проводится при помощи исследования участков ДНК, где содержатся данные гены с использованием ПЦР (полимеразной цепной реакции). Таким образом, происходит сравнение участков нормального гена и мутированного, путём достраивания цепочки. При изменённой структуре, молекула ДНК в исследуемой молекуле в месте мутации будет иметь иной генетический набор, нежели в той, которая является исходной молекулой. При этом выявление отклонений происходит с 99% вероятностью.
Ограничение состоит в том, что метод специфичен относительно исследования на патологические изменения конкретных генов и не позволят определить нарушения иных участков общей цепи.